AGROALIMED está constituido inicialmente por los siguientes institutos y centros de investigación:

Asociación de Investigación de la Industria Agroalimentaria (AINIA).
Centro de Conservación y Mejora de la Agrodiversidad Valenciana (COMAV, UPV).
Centro de Ecología Química Agrícola (CEQA, UPV).
Centro Valenciano de Estudios sobre el Riego (CVER, UPV).
Instituto Agroforestal Mediterráneo (IAM, UPV).
Instituto de Biología Molecular y Celular de Plantas (IBMCP, UPV-CSIC).
Instituto de Ingeniería de Alimentos para el Desarrollo (IAD, UPV).
Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA, CAPA).

A AGROALIMED se podrán incorporar en el futuro otros centros de investigación o departamentos universitarios, especializados en materia agroalimentaria, que estén avalados por una producción científica y técnica de alta calidad